GI編號是NCBI網站的所有序列相關數據庫的流水編號,其最有用的特征就是唯一性.對于每一條遞交給NCBI的序列,都會付給一個編號,而 且這個編號對應的序列不可更改.這個編號對應這個唯一的一條序列,類似與我們用的身份證號.因此,利用GI在NCBI中查詢時
怎樣在ncbi中查找基因序列的方法和三個號碼?來看看吧!
材料/工具
電腦
方法
首先打來瀏覽器,輸入“https://www.ncbi.nlm.nih.gov”。
1、打開NCBI 百度搜索鍵入“NCBI”,點擊“搜索”,第一個就是官方主頁,點擊打開。 2、關鍵字查找 以H9亞型流感病毒HA基因下載為例,說明詳細過程。 既然要下載基因序列,需要在欄目內找到“Nucleotide”(核苷酸),搜索欄內填入“Avian influenza vi
在search中選擇“BioProject”,然后點擊“search”。
1、直接通過瀏覽器搜索ncbi,選擇對應網站跳轉。 2、這個時候彈出新的窗口,需要根據實際情況搜索相關信息。 3、下一步如果沒問題,就繼續在圖示位置點擊進入。 4、這樣一來會看到其中的結果,即可在NCBI上查找某一基因在不同種屬中已公布的同源
新界面中選擇:“genome” 。
先搜到目的基因,然后display里面選genbank 里面會給基因編號 完全說明的最下面還會有mRNA和蛋白編號
新窗口中選擇:“Prokaryotic Genome Annotation”。
以Ache2基因作為例子。12這個是關于Ache2基因的各種完整、不完整的dna、rna、cds序列。這個是數據庫里存有的三個物種的Ache2基因全序列。要下載全序列的話,點Gene。點擊genebank(除了序列還有一些文字信息)或者fasta(直接下載序列)。省略后
出現“genomeproject”選項,選擇下拉框內需要查找的菌的域名:例如:“Euryarchaeota(廣古菌域)” 。
詳細參考ncbi handbook中entriz檢索系統。 支持布爾運算符。 你需要:首先了解ncbi里有哪些大的數據庫,什么是布爾運算符。 基因名稱,物種拉丁文,目的片段長度閾值等,根據它來檢索即可。
下拉滾動條,選擇要下載基因組的菌株名,例如:MethanococcusvoltaeA3 。
打開NCBI主頁; 左邊search里面選擇GENE 右邊的對話框里輸入你想要的基因名稱; 在出來的所有條目第一行后面都有種屬表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是貓。選擇你想要的種屬; 再出現的頁面中找到那個像數軸的圖,在左側有可以點擊的藍色
在display選項中選擇:“ProtienFASTA”,如果想下載序列,選擇sendto中的文件格式,保存即可。
1 打開NCBI主頁 2 左邊search里面選擇GENE 右邊的對話框里輸入你想要的基因名稱 3 在出來的所有條目第一行后面都有種屬表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是貓。選擇你想要的種屬。 4 再出現的頁面中找到那個像數軸的圖,在左側有可以點擊的
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怎樣在NCBI上搜索基因序列或者是蛋白質序列?
在ncbi 的search搜索框上面有下拉框選項,里面可以選基因序列(nucleotide)或者蛋白質序列(protein)
怎樣用NCBI搜索基因組序列啊
wenku.baidu.com/view/ffe309d9ad51f01dc281f183.html
看看,很容易的
【求助/交流】如何從NCBI上查找已知序列號的基因全長
這是NCBI的網站,然后在serch中輸入你的基因序列號,即可以得到。下載到序列(就是復制和黏貼的過程),然后可以對這斷序列進行編輯了。我一般用的DNAstar,我已經抄上傳了附件。你解壓后安裝,然后從開始菜單的程序里直接找到DNAstar,在里面點擊EditSeq,然后出zhidao現的頁面的左上角選擇file,子文件第一個是new里面有DNA和protein2個選擇,就可以進去閱讀和編輯了~~~如果有需要,我可以再給你提供一個BLAST工具~~本回答被提問者采納
已知基因序列,請問怎么在ncbi上查找該基因的保守序列,急,希望大家幫幫我
1 打開NCBI主頁
2 左邊search里面選擇GENE 右邊的對話框里輸入你想要的基因名稱
3 在出來的所有條目知第一行后面都有種屬表明,比如Homo sapiens是人道Felis catus是貓。選擇你想要的種屬。
4 再出現的頁面中找到那個像數軸的圖,專在左側有可以點擊的藍色數字,往往開頭有AK、NM的開頭,點擊它,再出現的下拉框里選擇GENEBANK。
5 最下面就是他的基因屬序列 當然也可以參考頁面上提供的CDS區域范圍來看。
如何在NCBI上查找某一基因序列及其啟動子
直接在NCBI主頁輸入你要找的基因的名字,比如S1PR1,然后搜索,找到下面的內容:
Genes
90Gene: collected information about gene loci
1HomoloGene: homologous gene sets for selected organisms
12UniGene: clusters of expressed transcripts
點90進去,里面是NCBI上這個基因在不同e799bee5baa6e79fa5e9819331333363383336物種中的所有序列,找到是鏈霉菌這個物種就ok,我如果找人的話,就應該是:
S1PR1 – sphingosine-1-phosphate receptor 1 [Homo sapiens (human)]
然后再點進去
Genomic
NG_.1 RefSeqGene
Range
5001..9772
Download
GenBank, FASTA, Sequence Viewer (Graphics)
mRNA and Protein(s)
NM_.4 → NP_.2 sphingosine 1-phosphate receptor 1
See proteins identical to NP_.2
Status: REVIEWED
pfam00001
Location:68 – 311
Blast Score: 367
7tm_1; 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Source sequence(s)
BC, CR, DB, DB
Consensus CDS
CCDS777.1
UniProtKB/Swiss-Prot
P21453
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ENSP, OTTHUMP, ENST, OTTHUMT
Conserved Domains (1) summary
GenBank和FASTA可以查看它在基因組上的序列
NM_.4 和 NP_.2分別是其mRNA序列和蛋白質序列
祝好!本回答被提問者采納
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